バージョンが古いので申し訳ないですが、PhpStorm7の話です。
Gitを使っているのに右クリックメニューにGitメニューが出ない場合は、メニューバーの
VCS -> Enable Version Control Integration…を開いて
セレクトボックスからGitを選択してOKすると利用できるようになります。
株式会社アスタ 代表の技術メモ

バージョンが古いので申し訳ないですが、PhpStorm7の話です。
Gitを使っているのに右クリックメニューにGitメニューが出ない場合は、メニューバーの
VCS -> Enable Version Control Integration…を開いて
セレクトボックスからGitを選択してOKすると利用できるようになります。